根据有关职责，泰兴市交通运输局设6个内设机构：

（一）办公室（人秘科与其合署办公，挂政策法规科牌子）

负责承担全局综合性文件、报告的起草工作；承担机关文秘档案、机要保密、政务督办、目标考核、政务信息、信访工作；组织协调有关重要会议、活动；参与重大问题的调查研究；承担机关后勤保障、资产管理和安全保卫工作。负责指导交通运输行业队伍建设和党建工作；承担机关直属单位的机构编制、组织人事、劳动工资、老干部工作；负责并指导机关和直属单位交通运输行业人才、职称评审报批工作。负责全市交通运输行业执法监督、执法队伍建设工作，承担法制宣传教育工作；负责行政复议、行政诉讼等方面工作。负责交通运输行业精神文明建设工作；负责协调本系统宣传、工会、共青团、妇联等方面工作。

（二）财务审计科（企业管理科与其合署办公）

负责对所属企事业单位及局机关的国有资产监管、财务工作指导；协调或参与交通建设资金的筹集；承担机关及所属事业单位的预决算工作；承担对直属企事业单位内部审计工作；承担信贷的有关财务工作；负责交通运输行业统计和信息发布工作；指导交通运输行业的规费征管工作。指导局属企业经济体制改革、技术进步、质量管理和节能减排等工作。

（三）工程科技科（挂农村公路建设管理养护办公室牌子，分为工程一科、工程二科、工程规划科、质量监督站）

负责承担、指导全市公路、航道、枢纽等交通设施的规划、建设、养护、质量监督管理工作；负责交通建设工程科技规划、科研、推广；负责交通建设市场主体的资质资格管理和信用管理；负责全市公路收费站的规划申报、建设管理，负责公路通行费征收管理；负责全市市道、乡道、农村公路路政管理工作和农村公路养护管理工作；组织拟订交通工程安全监管规定；依法组织或参与工程质量安全事故的调查处理。

（四）交通战备科

承担市国防动员委员会交通战备办公室的日常工作。负责国家交通工作法律、法规和方针、政策的宣传、执行、检查和监督；负责编制全市交通战备工作规划、战时保障方案并组织实施；负责全市的国防交通动员和运力征用；组织实施交通专业保障队伍建设、军事训练和政治教育；组织开展交通拥军优属工作；负责人武工作。

（五）运输规划管理科（行政许可服务科与其合署办公）

组织编制综合交通运输体系规划；负责客货营运机动车及出租车、公共交通、公路和水路客货运输、搬运装卸市场的规划和调控，负责客货运输车船发展、运输服务业发展的宏观规划并组织实施。负责客运线路的审批；协助有关部门协调运价管理。

负责交通运输系统行政许可服务工作。负责公路工程、桥梁建设项目及专用公路建设规划的许可；公路建筑控制区范围内施工作业的许可；道路运输经营及运输证，客、货运输站（场）经营的许可；机动车驾培和维修的许可；内河港口建设及相关航道口岸线使用的受理和许可；内河港口经营和港口相关作业的受理和许可；内河航道内港口岸线和申请从事货物装卸（含过驳）、仓储、港口驳运，集装箱堆放、拖轮、理货等经营人实施行政许可；航道上建设或设置有关设施的受理和许可；航道边坡外10米以及航标周围20米内有关设施设置的许可等。

（六）安全科（挂应急办公室牌子）

负责局属企事业单位的安全生产监督管理和拟订应急预案；负责安全法规的宣传；组织拟订并监督实施公路、水路安全生产有关政策；依法组织或参与有关事故调查处理工作，监督事故查处的落实情况；承担公路、水路突发公共事件应急管理工作和社会治安综合治理工作。

另按有关规定设置纪检监察机构。